Новгородчины ему было присвоено звание «Почетный гражданин Великого Новгорода». Этого звания он был удостоен за большой вклад в духовное и нравственное возрождение Новгородской земли.

До избрания патриархом всея Руси Алексий с 1986 по 1990 годы возглавлял объединенные Ленинградскую и Новгородскую епархии и приложил все силы для возвращения древнейшей в России Новгородской епархии самостоятельности. Он лично подписывал акты о передаче епархии древнейшего православного храма России — Софийского собора и других значимых святынь, в том числе Покровского собора, который стал в 1989 году вторым действующим храмом Великого Новгорода.

Алексий II был патриархом Московским и всея Руси с 1990 по 2008 год.