В первую очередь обследованию подвергались объекты, расположенные в тех местах, откуда ушла вода. Мониторинг санитарно-эпидемиологической обстановки в зоне паводка осуществляют 12 подвижных лабораторно-клинических групп со средствами контроля.

Совместный контроль за состоянием источников водоснабжения в населенных пунктах, расположенных в зоне подтопления, помимо военно-медицинской службы, осуществляют инженерные и материально-технические подразделения вооруженных сил России.